Emma jako česká kněžna
Zřejmě prostřednictvím německého dvora, kde měla stále vlivné slovo její matka Adéla Burgundská a díky stykům tehdy nejvlivnějšího příbuzného, bavorského vévody Jindřicha II. Svárlivého, byla vysvobozena z vězení. Zvolila cestu nového života s panovníkem, jehož země byla dostatečně vzdálená od Francie, kde jí hrozilo trvalé nebezpečí. Jejím vyvoleným se stal český přemyslovský kníže Boleslav II. Ke sňatku došlo roku 988 či spíše roku 989 a byl nesporně výhodný pro obě dvě strany. Manželé byli přibližně stejně generačně staří, Emma se vysvobodila z lotrinsko-francouzského nebezpečí a Boleslav II. získal na oplátku ženu spřízněnou s nejmocnějšími rody Říše i západní Evropy.
V nové vlasti byl dle kronikáře Kosmase dobře známý její skvělý původ a Emma byla vysoce ctěna a vážena. Brzy si také v nové vlasti oblíbila kult přemyslovského národního světce sv. Václava. Stala se zbožnou šiřitelkou jeho kultu, o čemž svědčí i Wolfenbüttelský kodex – spojený s jejím jménem. V Čechách dostala od Boleslava II. k zaopatření mj. i důležité přemyslovské hradiště s hradem Mělník a druhý manžel jí taktéž potvrdil mincovní právo ražby vlastních denárů s královským titulem Emma Regina (čili královna a nikoliv kněžna). Denáry jsou navíc v opisu titulu podobné těm, které ve Francii razila právě Emma Italská a jež byly poprvé nalezeny v roce 1963. A poněvadž vysoký titul královny směla přirozeně používat pouze panující či ovdovělá královna, svědčí i tato skutečnost o jejím původním postavení královny.
V době smrtelně nebezpečných sporů a bojů o český trůn po smrti svého druhého chotě Boleslava II. (zemřel roku 999) odešla Emma roku 1001 s princem Jaromírem a Oldřichem do bavorského exilu, ke dvoru tehdejšího vévody a pozdějšího císaře Jindřicha II. Což mj. podporuje hypotézu o tom, že Jindřich byl blízkým příbuzným Emmy – byl synem její sestřenice Gisely Burgundské, jež zemřela roku 1006, a zmiňovaného vévody Jindřicha II. Svárlivého. Budoucí císař Jindřich Bavorský byl posledním příslušníkem dynastie Liudolfovců-Otonů, do níž se provdala i Emmina matka Adéla Burgundská.
Na bavorském dvoře mohla Emma velmi dobře intervenovat ve prospěch přemyslovských princů Jaromíra a Oldřicha, které ohrožoval kníže Boleslav III. Ryšavý či polský král Boleslav Chrabrý. V téže době vznikl na její podnět v Německu i slavný Wolfenbüttelský kodex, který jí ukazuje jako kajícnici před sv. Václavem a Kristem. Tato kniha měla být i jakýmsi prostředkem k zapůsobení na Jindřicha v české věci a k prosazení jejích zájmů. Král Jindřich II. v roce 1004 tak i působením své tety Emmy Italské umožnil Jaromírovi válečným tažením návrat do Čech a ujmutí se vlády. Emma se po Jaromírově úspěchu do české kotliny snad navrátila. Podle jiných historiků však i nadále setrvala v bezpečnějším okolí římského krále Jindřicha II. Pokud se ovšem do Čech přece jen vydala, zřejmě žila vedle Prahy na Mělníce a to až do smrti, která ji zastihla dle tradice 2. listopadu roku 1006.
Podle přijímaných závěrů byla zřejmě pohřbena na Pražském hradě. Právě tam bylo hlavní přemyslovské pohřebiště a i jiní členové dynastie, pokud zemřeli mimo dvůr, byli do Prahy přiváženi. Kronikář Kosmas k jejímu skonu napsal: „Kněžna Hemma, perla ženského pohlaví, zimnicí byvše zachvácena, vyproštěna byla z pout tělesných. Její náhrobní nápis s těmito verši buď jsem viděl, nebo se pamatuji, že jsem viděl zapsán: Hemma tu leží, hle, pouhý prach, jež byla jak gemma.“